کتاب استاد مطهری و آسیب‌شناسی دین‌داری جلد دوم از مجموع آثار استاد مطهری درباره آسیب‌شناسی دینی و دین‌داری است که در آن محورهای اصلی و نظریه‌پردازی‌های کلان استاد مطهری در چهار محور علل انحطاط مسلمین، علل گرایش به مادیگری، احیای تفکر اسلامی و اصلاح و مصلحان خلاصه شده است.

جلد نخست این اثر با محوریت دو موضوع کلان «علل انحطاط مسلمین» و «علل گرایش به مادیگری» به موضوعات: اندیشه‌های معارض دین، موانع دین‌داری و عوامل معارض دین پرداخته است و جلد دوم نیز با عنوان «آسیب‌شناسی دین‌داری» و با محوریت «احیای تفکر اسلامی» و «اصلاح و مصلحان» شامل موضوعات: آسیب‌شناسی دین‌داری در مقام فهم، آسیب‌شناسی دین‌داری در مقام عمل و آسیب‌شناسی دین‌داری گروه‌های خاص می‌شود.

احیای تفکر دینی در آیات و روایات، تفاوت احیای دین و احیای تفکر دینی، ضرورت بازنگری در مسلمانی خود، وضعیت نیم‌مردگی در جوامع اسلامی، شناخت حیات و مرگ، خرافه‌ای در مسأله احیای دین، فرضه و اشکالات آن، فرضیه تجدید در هر هزار سال و نقد آن، از نکات تکمیلی استاد مطهری درباره احیای تفکر اسلامی است.

استاد مطهری ذیل بیان مسأله اصلاح به موضوعات وجود یک بدفهمی در اصطلاح امروزی «اصلاح»، واژه اصلاح در آیات و روایات، جنبش‌های اصلاحی در تاریخ اسلام، نهضت‌های اصلاحی اسلامی صد ساله اخیر، نهضت اسلامی ایران، پیامبران و ائمه (ع) به عنوان مصلحان و احیاگران دین و جایگاه و نقش علما و روحانیت در اصلاح، احیای تفکر اسلامی و مبارزه با انحطاط مسلمین پرداخته است.

کتاب «استاد مطهری و آسیب‌شناسی دین‌داری» برگرفته از یک پیش‌گفتار، مقدمه،‌ مدخل و سه بخش آسیب‌شناسی دین‌داری در مقام فهم، آسیب‌شناسی دین‌داری در مقام عمل و آسیب‌شناسی دین‌داری گروه‌های خاص است.

«بدفهمی‌ها»، «جهل و عدم رشد اجتماعی مردم»، «جمود و قشری‌گری»، «مخالفت با عقل»، «عقل‌گرایی افراطی، روشنفکرمآبی و تجددگرایی»، «ظاهربینی»، «توجیه»، «فساد اخلاقی و دنیاطلبی»، «انحراف در اعمال فقهی و اخلاقی»، «بی‌اعتنایی به برخی تعالیم و شعائر دینی»، «عدم اهتمام به جهاد و امر به معروف و نهی از منکر و اجرای نادرست آن‌ها»، «افراط در یک ارزش»، «آسیب‌شناسی دین‌داری علما و سازمان روحانیت»، «آسیب‌شناسی دین‌داری مبلغین و مسأله تبلیغ دین»، «آسیب‌شناسی دین‌داری شعرا و اهل ادب» و «آسیب‌شناسی دین‌داری جامعه دینی و محیط زندگی»، سرفصل‌های اصلی این کتاب را تشکیل می‌دهند.