کتاب استاد مطهری و آسیب‌شناسی دینی جلد نخست از مجموع آثار استاد مطهری درباره آسیب‌شناسی دینی و دین‌داری است که در آن محورهای اصلی و نظریه‌پردازی‌های کلان استاد مطهری در چهار محور علل انحطاط مسلمین، علل گرایش به مادیگری، احیای تفکر اسلامی و اصلاح و مصلحان خلاصه شده است.

جلد نخست این اثر با محوریت دو موضوع کلان «علل انحطاط مسلمین» و «علل گرایش به مادیگری» به موضوعات: اندیشه‌های معارض دین، موانع دین‌داری و عوامل معارض دین پرداخته است و جلد دوم نیز با عنوان «آسیب‌شناسی دین‌داری» و با محوریت «احیای تفکر اسلامی» و «اصلاح و مصلحان» شامل موضوعات: آسیب‌شناسی دین‌داری در مقام فهم، آسیب‌شناسی دین‌داری در مقام عمل و آسیب‌شناسی دین‌داری گروه‌های خاص می‌شود.

آسیب‌شناسی دینی تحقیق در اموری است که به اصل دین ضربه می‌زنند و به عبارت دیگر در این بحث، از موانع دین‌داری و هم‌چنین از علل بی‌دینی و به تعبیر استاد مطهری، علل گرایش به مادیگری، گفتگو می‌شود.

اندیشه‌های معارض دین، موانع دین‌داری، عوامل معارض دین، آسیب‌شناسی دین‌داری در مقام فهم (آسیب‌های معرفتی دین‌داری)، آسیب‌شناسی دین‌داری در مقام عمل (آسیب‌های عملی دین‌داری) و آسیب‌شناسی دین‌داری گروه‌های خاص از موضوعات اصلی است که در کتاب آسیب‌شناسی دینی و کتاب آسیب‌شناسی دین‌داری مورد بررسی قرار گرفته‌اند.

در این پژوهش به جز طبقه‌بندی و تلخیص نکات، تلاش شده تحلیل و دخل و تصرف بیشتری در اندیشه استاد مطهری اعمال نشود، به نحوی که تمام مطالب از خود استاد است و برای مشخص شدن برخی نکات اضافه شده از علامت قلاب [ ] استفاده شده است. تحلیل و بررسی و افزودن دیدگاه‌های محقق، پژوهش حاضر را از حالت گزارش اندیشه‌های استاد خارج کرده و به آن جنبه نظریه‌پردازی شخصی داده است.

یکی از ابعاد اهمیت این پژوهش آن است که مطالب فهرست شده می‌توانند دستمایه‌های خوبی برای پژوهش‌های عمیق‌تر در هر یک از موارد باشد؛ به عنوان مثال نکات فراوانی که درباره شبهات، تحلیل‌های خطا و بدفهمی‌ها در ارتباط با خداوند از آثار استاد مطهری استخراج شده، گرچه در بخش‌های مختلفی از دو مجموعه آسیب‌شناسی دینی و آسیب‌شناسی دین‌داری قرار دارند، می‌تواند دستمایه‌ای تفصیلی برای پژوهش‌های مستقل در این زمینه باشد.

کتاب «استاد مطهری و آسیب‌شناسی دینی» از پیش‌گفتار، مقدمه،‌ یک مدخل و سه بخش اندیشه‌های معارض دین، موانع دین‌داری و عوامل معارض دین تشکیل شده است که در بخش نخست، سرفصل‌های شبهات، نظریات و تحلیل‌های خطا و اندیشه تعارض دین و زندگی، بخش دوم، فساد اخلاق، حجاب‌های روحی و ضعف معرفتی و در بخش سوم، عوامل بیگانه، منافقین و دین‌داران به چشم می‌خورد.